高分辨率空间转录组技术在结直肠癌微环境免疫细胞特征研究中的应用

研究背景

本研究旨在利用[Z6·尊龙凯时]提供的10xVisiumHD平台，对来源于人结直肠癌（CRC）及其相邻正常黏膜组织（NAT）的FFPE样本进行探讨。同时，结合Xenium及VisiumCytAssist（V2）的数据对VisiumHD结果进行验证。

研究方法

通过单细胞联合空间转录组分析，生成了结直肠癌微环境中多种免疫细胞类型的全面空间图谱，特别关注肿瘤边缘区域。结果显示，肿瘤区域内富集了两种特定的促肿瘤巨噬细胞亚群，具有显著的基因表达谱差异和空间分布特征。此外，还应用Xenium原位基因表达分析，识别出与抗肿瘤反应相关的第三种巨噬细胞亚群。

VisiumHD结果分析

首先，研究者使用10xVisiumHD与VisiumCytAssist技术，对NAT（n=2）与CRC（n=1）样本进行对比，发现VisiumHD在无监督聚类中识别出了更多的细胞聚类，并与原组织形态高度匹配。这一结果为VisiumHD在空间定位上的准确性提供了有力支持。

细胞类型空间分布

在获得了可靠的VisiumHD数据后，结合单细胞信息，采用解卷积方法分析细胞类型的空间分布。结果表明，结直肠癌肿瘤区域内癌相关成纤维细胞（CAF）和巨噬细胞的数量显著增加。基于此，进一步在巨噬细胞marker显著表达的区域进行聚类分析，识别出SPP1+和SELENOP+两类巨噬细胞亚群，它们在基因表达和空间定位上表现出显著的异质性。

结论

本研究通过采用改进后的VisiumHD技术，提供了更高灵敏度和分辨率的空间定位分析，为结直肠癌的研究提供了新的见解，揭示了SPP1+和SELENOP+巨噬细胞在促肿瘤中的潜在角色。这一发现不仅丰富了肿瘤微环境中的细胞构成图谱，也为未来的研究提供了重要线索。

[Z6·尊龙凯时]致力于推动生物医学领域的创新和发展，为研究人员提供先进的技术平台和解决方案。